霉菌毒素是霉菌产生的代谢产物，一般常见在鸽子的谷物当中(如:玉米、豆类、小米、高粱等谷物)，台湾并不生产这些谷物，所以大多数靠进口为主，而这些谷物由产地到鸽子的口中至少经过了6个月以上，在这6个月当中谷物经过了包装、船舱里的运输、温度湿度的变化，很难保证霉菌毒素不会产生。而信鸽粮食中常受麴霉菌、梭霉菌等毒霉菌产生的霉菌毒素所污染,例如我们常听到的黄麴毒素Aflatoxin)、褐麴毒素(Ochratoxin)、赭菌毒素、欧兔毒素(DON)、T-2毒素、F-2毒素等等, 一种霉菌，可能产生数种毒素，彼此间常具相乘作用，仅需人工引发致病剂量的十分之一量，即可引起中毒。这些毒素会降低信鸽进食量、会影响幼鸽发育及成长, 对信鸽的肠道消化会消化异常、会肝肾损坏、抵抗力下降等等问题。这几年幼鸽常发生大量死亡也与霉菌毒素有关。